Информационно-библиотечный фонд ГНМБ – это упорядоченная совокупность документов, соответствующая задачам и профилю библиотеки и предназначенная для использования и хранения.
Фонд ГНМБ МЗ РУз насчитывает около 1 млн. экземпляров книг, периодических изданий, авторефератов, кандидатских и докторских диссертаций. В том числе более 160 тыс. экземпляров зарубежных изданий.
Информационно-библиотечный фонд ГНМБ состоит из основного, обменного и депозитарного фондов.
Среди книг имеются такие редкие издания, как «Канон врачебной науки» Авиценны на арабском языке, труды Гиппократа, издания XVII-XIX веков. Широко представлены произведения основоположников медицинской науки и практического здравоохранения, работы выдающихся ученых-медиков Узбекистана.
Ежегодно библиотека приобретает более 3 тыс. наименований книг, издаваемых в Республике Узбекистан и в странах дальнего и ближнего зарубежья. Также ГНМБ получает по подписке 88 наименований российских медицинских журналов и 24 наименования медицинских журналов, издаваемых в республике.