НИИЭМИЗ является центром по координации научных исследований по краевым особенностям эпидемиологии инфекционных заболеваний, микробиологии патогенных микроорганизмов, а также по разработке новых диагностических методов, лечения и профилактики инфекционных болезней.

Основными направлениями научных грантов, выполняемых в институте в настоящее время являются: раскрытие причинных факторов и молекулярных, генетических, микробиологических, фенотипических, иммунологических, биохимических патогенетических аспектов формирования затяжных и хронических форм течения бактериальных кишечных инфекций; снижение заболеваемости и смертности от инвазивных бактериальных заболеваний, путём усовершентствования их диагностики, лечения и профилактики, а также от заболеваний, вызванных резистентными микроорганизмами в Узбекистане посредством улучшения диагностики, определения надзора и профилактики резистентных микроорганизмов: разработку научно-технической программы «Совершенствование охраны здоровья населения путем разработки новых технологий и методов диагностики, лечения, профилактики заболеваний» раздела IV. «Создание скрининговых методов диагностики для выявления в доклинической и ранней стадиях проявления патологий беременности и родов, социально значимых, инфекционных и неинфекционных заболеваний у детей и взрослых» в части «разработка новых относительно дешевых методов экспресс диагностики различных инфекций на основе детекции метаболитов»; определение перерыва местной передачи малярии в очагах в Сурхандарьинской области Узбекистана; разработку способов прогнозирования риска развития, оценки степени выраженности глюкокортикоидной недостаточности и показаний для назначения гормональной терапии при тяжелом течении вирусных гепатитов.

Основные научные направления института на ближайшие годы:

1. Разработка новых патогенетических концепций по острым кишечным инфекциям, зоонозам, паразитарным заболеваниям
2. Разработка современных основ эпидемиологического мониторинга важнейших инфекционных заболеваний
3. Изучение особенностей современного клинического течения важнейших инфекционных заболеваний в Узбекистане
4. Разработка и внедрение в практику здравоохранения новых методов лабораторной диагностики важнейших инфекционных заболеваний
5. Совершенствование методов этиопатогенетической терапии важнейших инфекционных заболеваний в Узбекистане
6. Создание новых методов математического моделирования важнейших инфекционных заболеваний с целью разработки краткосрочного и долгосрочного прогноза.