Клиника института является методическим и организационным центром в республике по борьбе и профилактике инфекционных и паразитарных заболеваний. В клинике получают лечение взрослые и дети, больные диарейными заболеваниями, бруцеллезом, вирусными гепатитами, гельминтозами, брюшным тифом и паратифами, ботулизмом, малярией, сепсисом, токсоплазмозом и другими заболеваниями, в основном из областей республики.

Структура клиники состоит из приёмного, боксового и 7 клинических отделений, отделения реанимации и интенсивной терапии, отделения гемодиализа – искусственная почка, амбулаторно-поликлинического отделения, организационно-методического отдела, а также физиотерапевтического и рентген кабинетов, лабораторных подразделений (бактериологическая с группой бруцеллеза, клиническая, биохимическая, иммунологическая, экспресс- и ПЦР-лаборатории). При клинике функционируют пункт централизованной стерилизации, аптека, прачечная и кухня.

Клиника предназначена для госпитализации больных взрослых и детей с инфекционной и паразитарной патологией в основном из областей республики.

Сотрудниками института и клиники постоянно выезжают по линии санитарной авиации для оказания лечебной и консультативной помощи.

В клиники НИИЭМИЗ стационарно обследуются и проходят лечение более 7000 больных, амбулаторно - свыше 3000 пациентов.

Высококвалифицированные специалисты клиники выезжают по линии санитарной авиации для оказания лечебной и консультативной помощи  ЛПУ г.Ташкента и областей республики.

В клинику внедряются современные научные достижения науки, регулярно рассматриваются и вносятся предложения по усовершенствованию стандартов и протоколов лечения, диагностики инфекционных заболеваний, нормативных документов.

По представлению Фармакологического комитета МЗ РУз в клинике проводятся клинические испытания новых отечественных лекарственных средств, предназначаемых для лечения инфекционных заболеваний.