Научно-исследовательский институт эпидемиологии, микробиологии и инфекционных заболеваний организован в 1961 г. в г.Ташкенте на  основании Постановления  Кабинета Министров Узбекской ССР от 07.12.1959 г. № 900 и Указа Кабинета Министров Узбекской ССР от 29.10.1961 г. № 1777-Р. С этого времени институт является  центром по координации научных исследований по краевым особенностям эпидемиологии инфекционных заболеваний, микробиологии патогенных микроорганизмов, а также по разработке новых диагностических методов,  лечения  и профилактики инфекционных болезней.  

В настоящее время НИИЭМИЗ работает по 1 фундаментальному и 5 прикладным грантам, имеет два Уникальных объектов «Национальная коллекция микроорганизмов инфекций человека» и “Коллекция  грибов  - возбудителей микозов  человека”. 

В НИИЭМИЗ работают научные и лечебные подразделения: Ученый совет института, общеклиническая конференция, лечебный совет,  Научно-медицинский совет по инфекционной патологии по утверждению тем докторских диссертаций.

На базе института постоянно обучаются старшие научные сотрудники-соискатели и клинические ординаторы.

Научные сотрудники института поддерживают научно-творческую связь с такими ведущими научными центрами республики, как Ташкентская медицинская академия, Ташкентский педиатрический медицинский институт, Ташкентский институт усовершенствования врачей, НИИ вирусологии, НИИ иммунологии, НИИ медицинской паразитологии им. Л.Исаева и другими.

Налажены научные связи с ведущими научно-исследовательскими учреждениями: с ФБУН Центральным научно-исследовательским институтом эпидемиологии (Москва), НИИ иммунологии РФ (Москва), Военно-медицинской Академией (Санкт-Петербург), НИИ педиатрии (Санкт-Петербург), ФГУН НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера (Санкт-Петербург) и другими.

Сотрудники института и клиники повышают свои знания не только в ВУЗах республики, но и проходят обучение за рубежом – России, Азербайджане, Грузии, Турции, Дания и др., участвуют в международных совещаниях по инфекционным и паразитарным заболеваниям и эпидемиологическому надзору.

Сотрудники института и клиники неоднократно участвовали в Международных грантах.

На протяжении ряда лет в стенах нашего института проводятся научно-практические конференции с участием областных, республиканских медицинских работников, в том числе с международным участием.