Отделение неонатальной хирургии предназначено для оказания специализированной хирургической помощи новорождённым и детям раннего возраста с врожденными пороками развития органов и систем в возрасте до 3 лет.

РПЦ, в том числе и отделение хирургии новорожденных является ответственным по разработке алгоритмов диагностики и лечения новорожденных с врожденными пороками развития в республике.

В отделении хирургии новорожденных проводятся следующие медицинские мероприятия:

• диагностика, лечение и предоперационная подготовка новорожденных и детей раннего возраста с врожденными пороками развития;
• оперативное лечение таких состояний как,
• атрезия пищевода,
• врожденная высокая и низкая кишечная непроходимости,
• диафрагмальная грыжа,
• атрезия анального отверстия,
• омфалоцеле,
• гастрошизис,
• экстрофия мочевого пузыря,
• уретерогидронефроз,
• опухоли,
• перфоративный перитонит,
• пилоростеноз,
• паховые грыжи,
• гидроцеле,
• ВПР половых органов;
• Также используется лапароскопический метод диагностики и лечения новорожденных;

За годы существования отделение неонатальной хирургии добилось высоких достижений. Это видно на примере послеоперационной выживаемости больных с ВПР. При атрезии пищевода выживаемость составляет 65% в 2013 против 50% в 2011; высокая кишечная непроходимость 69% в 2013 против 54%в 2011; диафрагмальная грыжа 75% в 2013 против 14% в 2011; омфалоцеле, гастрошизис 90% в 2013 против 34% в 2011 г.