- Амбулаторный центр лазерной хирургии
- Клинико-диагностической центр
- Отделение анестезиологии с кардиоанестезиологией и реанимацией
- Отделение биохимии с группой микробиологии (научно-лабораторный отдел)
- Отделение компьютерной и магнитно-резонансной томографии
- Отделение общей и лазерной хирургии
- Отделение патологической анатомии
- Отделение пластической и реконструктивной микрохирургии
- Отделение рентгеноэндоваскулярной хирургии и нарушений ритма сердца
- Отделение функциональной диагностики
- Отделение хирургии врожденных пороков сердца
- Отделение хирургии ишемической болезни сердца
- Отделение хирургии легких и средостения
- Отделение хирургии печени и желчных путей
- Отделение хирургии пищевода и желудка
- Отделение хирургии портальной гипертензии и панкреатодуоденальной зоны
- Отделение хирургии приобретенных пороков сердца
- Отделение хирургии сосудов
- Отделение хирургии сочетанной патологии сердца
- Отделение хирургической реанимации и интенсивной терапии
- Отделение экспериментальной хирургии
- Отделение эндоскопии
- Приёмное отделение
- Радиоизотопная диагностическая лаборатория
- Рентгенологическое отделение
- Станция переливания крови
- Центр экстракорпоральной детоксикации
- Центр эндовизуальной хирургии